שישה חודשים לאחר אירועי המנגה “יו-גי-הו!”, יוגי מוטו וחבריו הגיעו לשנה האחרונה בתיכון והתחילו לחשוב על עתידם. 

בינתיים, סטו קאיבה הזמין חפירה ארכיאולוגית כדי להחזיר את פאזל המילניום המפורק מהריסות “מקדש הגיהנום”. בפריט שכנה בעבר רוחו של יריבו, אטם, אותו מקווה סטו להחיות על מנת ליישב את החשבון ביניהם.

החפירה נקטעת בידי אדם מסתורי, שהתמודד מול קאיבה וגנב שני חלקים מהפרמידה.

מי הוא אותו בן אדם? מהם המניעים שלו?

*קרדיט לאנימה ספין על התקציר*